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農業天然災害現金救助除第十二條之二規定情形外，其作業程序及辦理期限如下：
一、農民應於中央主管機關公告救助地區之翌日起十日內填具申請表，向受災地鄉（鎮、市、區）公所提出申請，必要時得邀請當地農會、漁會協助，逾期不予受理。
二、各鄉（鎮、市、區）公所應於中央主管機關公告救助地區之翌日起三十日內完成勘查，並填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關，勘查得以科學技術輔助之。
三、農民申請救助項目之災損程度符合中央主管機關公告災損天氣參數，或災損嚴重經中央主管機關公告者，鄉（鎮、市、區）公所應依下列規定辦理：
（一）查證具有種植或養殖客觀證明文件者，得免勘查，逕填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
（二）無前目文件者，應抽樣勘查百分之二十以上之申請案件，確認無第十二條之一第一項情形後，填具救助統計表層報直轄市或縣（市）主管機關。
四、直轄市或縣（市）主管機關應於收受鄉（鎮、市、區）公所救助統計表之翌日起七日內完成轄區鄉（鎮、市、區）公所申請案件之抽查，並將救助統計表及抽查紀錄表報請中央主管機關辦理；其抽查，以二次為限。
五、中央主管機關應於收受直轄市或縣（市）主管機關救助統計表及抽查紀錄表之翌日起七日內完成審核，並依最後抽查結果，將符合救助條件者之救助款逕撥直轄市、縣（市）主管機關或鄉（鎮、市、區）公所，由鄉（鎮、市、區）公所或設有信用部之農會、漁會或承受農會、漁會信用部之金融機構發放。

主管機關所屬各試驗改良場所，應配合辦理前項損害鑑定及抽查工作。<br />

農民申請農業天然災害現金救助，有下列情形之一者，經主管機關或鄉（鎮、市、區）公所查證屬實，當次農業損失不予救助；已撥付救助款者，應以書面命農民限期返還，屆期未返還者，依法移送行政執行：
一、誤導鄉（鎮、市、區）公所勘查人員勘查與申報受災地點不符之地點。
二、申報受災地點未實際做農業生產使用或實際受災項目與申報項目不符。
三、申報項目損失率未達百分之二十。

農民有前項第一款或第二款情形，於下次發生農業天然災害救助時，直轄市、縣（市）主管機關應不予救助。但以前條第一項第三款方式辦理救助，有前項第一款或第二款情形者，其後三次不予救助。

農業部林業及自然保育署（以下簡稱林業保育署）經管之出租造林地，其農業天然災害現金救助之作業程序及辦理期限如下：
一、農民應於中央主管機關公告救助地區之翌日起十日內填具申請表，向受災地林業保育署各地區分署所轄工作站（以下簡稱工作站）提出申請，逾期不予受理。
二、工作站應於中央主管機關公告救助地區之翌日起三十日內完成勘查，並填具救助統計表層報林業保育署；勘查得以科學技術輔助之。
三、林業保育署應於收受工作站救助統計表之翌日起七日內完成工作站申請案件之抽查，並將救助統計表及抽查紀錄表報請中央主管機關辦理；其抽查，以二次為限。
四、中央主管機關應於收受林業保育署救助統計表及抽查紀錄表之翌日起七日內完成審核，並依最後抽查結果，將符合救助條件者之救助款逕撥林業保育署，由該署各地區分署發放。

為辦理現金救助，直轄市或縣（市）主管機關應依產業性質，指派專人負責或採任務編組方式辦理權責範圍內之救助工作；各鄉（鎮、市、區）公所應由機關首長或其指派之人員召集成立專案小組辦理救助工作。