本基金之收支、保管及運用應設農業特別收入基金管理會（以下簡稱本會），置委員十一人，其中一人為召集人，由農委會派員兼任之；其餘委員，由行政院經濟能源農業處、行政院主計總處、中央銀行、財政部、經濟部、國家發展委員會各派一人，農委會派四人兼任之。

本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集之，並得邀請有關機關（單位）派員列席；召集人不能出席時，由召集人指派委員一人代理。