主管機關對農田水利會之業務，除平時之監督輔導外，應於每年年度終了後，辦理工務、管理、財務、總務、主計、人事、資訊及輔導等各項業務年度檢查；並得視業務需要，辦理不定期檢查。

前項檢查，得邀請有關機關參加。檢查結果，優良者，得予獎勵；有缺失者，予以糾正、限期改善，並得依本通則第三十六條規定辦理。