年度預算應就業務實際需要通盤考量，並視財力情形編列，其優先順序如下：
一、已列入政府施政計畫及農田水利會年度工作計畫，須優先實施者。
二、屬於重要水利工程、新興計畫業經核定有案及維護工程計畫者。
三、主管機關交辦或配合辦理事項，須優先實施者。
四、屬於法令規定或契約責任，須履行者。
五、屬於經常性業務，須繼續辦理者。
六、屬上年度或以前年度計畫，因故須延長或繼續辦理者。
七、會員或各機關建議有關灌溉及排水設施，應急待辦理者。