灌溉管理組織內設組、室，最多不得超過八個，依業務設工務、管理、財務、總務四組及人力資源、主計、輔導、資訊四室，組、室並得分股辦事。業務較簡之灌溉管理組織得合併組、室或置專人辦理之。

灌溉管理組織因業務需要，得將總務組或資訊室併入其他組、室，並增設新組、室；新組、室名稱不受前項規定之限制。