主管機關辦理本法第十四條第二項所定非農田排水之水質檢測時，其採樣、保存及檢測方式如下：
一、依行政院環境保護署公告之河川、湖泊及水庫水質採樣通則（NIEA W104）與事業放流水採樣方法（NIEA W109）。
二、灌溉水質基準值管制項目與品質項目之檢測方式如附表一及附表二。