本基金為預算法第四條第一項第二款所定特種基金，編製附屬單位預算；下設公、七星、北基、桃園、石門、新竹、苗栗、臺中、南投、彰化、雲林、嘉南、高雄、屏東、宜蘭、花蓮、臺東十七個農田水利事業作業基金，編製附屬單位預算之分預算，以行政院農業委員會（以下簡稱本會）為主管機關，本會農田水利署為管理機關。