本基金之來源如下：
一、政府循預算程序之撥款。
二、農田水利設施範圍內依本法第十二條第一項、第十三條第一項、第十四條第二項規定申請許可時所收取規費及依第二十五條規定向使用者收取費用之收入。
三、租金及利息收入。
四、資產處分或活化收益收入。
五、其他收入。