特定水土保持區劃定程序如下：
一、位於縣（市）行政區域者，由縣（市）主管機關擬定劃定計畫，報請中央主管機關劃定公告之。
二、位於直轄市行政區域者，由直轄市主管機關擬定劃定計畫並據以劃定，報請中央主管機關核定公告之。
三、跨越二直轄市與縣（市）以上行政區域者，由所占面積較大之直轄市、縣（市）會同其他直轄市、縣（市）主管機關擬定劃定計畫，報請中央主管機關劃定公告之。

前項第一款、第三款行政區域有天然災害發生，且有下列情形之一者，得由中央主管機關所屬機關逕為擬定劃定計畫，報請中央主管機關劃定公告之：
一、經緊急處理後，有長期治理之需求。
二、經中央主管機關指定達一定規模以上之崩塌區。

前二項擬定特定水土保持區劃定計畫之機關，應於擬定前辦理公聽會。但涉及原住民族土地或部落及其周邊一定範圍內之公有土地者，依原住民族基本法第二十一條規定辦理。

第一項及第二項特定水土保持區劃定計畫，其內容應包含下列事項：
一、劃定依據及目的。
二、範圍說明。
三、環境現況基本資料，包括環境地質、土壤、生態、氣象、水文。
四、管理機關。
五、重大管制事項。