偶蹄類動物除依第十一條之一規定外，應於健康情形下完成口蹄疫免疫注射，其免疫時機及次數如下：
一、豬隻約於第十二週至第十四週齡間完成一劑口蹄疫疫苗注射。
二、牛、羊及鹿約於第四月齡及第十二月齡各完成一劑口蹄疫疫苗注射。

豬、牛、羊及鹿依前項完成最後一劑口蹄疫疫苗注射日起算三週後進行抽檢，檢測結果有下列情形之一者，應補強注射一劑口蹄疫疫苗：
一、豬隻血清口蹄疫中和抗體幾何平均力價，未達十六倍。
二、牛、羊、鹿血清口蹄疫中和抗體幾何平均力價，未達三十二倍。

豬、牛、羊及鹿依第一項完成最後一劑口蹄疫疫苗注射日起算三週至五週間進行抽檢，其檢測結果為血清檢體口蹄疫中和抗體力價全數四倍以下者，視為未注射口蹄疫疫苗，應補強注射一劑口蹄疫疫苗，並應依規定處分。

依第一項完成最後一劑口蹄疫疫苗注射日起算，豬隻飼養期間超過半年，牛、羊、鹿飼養期間超過一年者，應補強注射一劑口蹄疫疫苗。