清除口蹄疫使用疫苗應達到世界動物衛生組織口蹄疫參考實驗室以中和抗體試驗（VNT） 方式執行陸生動物診斷試驗及疫苗手冊（Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals） 中口蹄疫疫苗配對試驗認定之基準；病毒株有差異者，中央主管機關得視其差異程度，將所需疫苗與病毒株配對試驗。但因緊急防疫需要或用於第十一條第二項或第四項所定補強注射之情形者，不在此限。

前項口蹄疫疫苗以組織培養單價油質（含雙層油質）不活化疫苗（以Binary Ethyleneimine 為不活化劑）為限，其保護劑量須在 6 PD50（50％protective dose） 以上。

遇有緊急防疫需要時，清除口蹄疫所需疫苗之病毒株，得由中央主管機關另指定公告。