本辦法依規費法第十條及植物防疫檢疫法第二十一條規定訂定之。

本辦法所稱檢疫規費，包括檢疫費、作業費及工本費：
一、檢疫費：指動植物疫病蟲害檢查相關費用。
二、作業費：
（一）臨場費。
（二）動物繫留費，包括場地費及檢測費。
（三）動物屍體焚燬費。
（四）延長作業費。
（五）檢疫處理費：燻蒸、消毒、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬等費用。
（六）申報資料鍵輸費。
三、工本費：
（一）檢疫標識工本費。
（二）各種檢疫證明書分割、補發、換發、繕發副本等工本費。

檢疫規費以新臺幣元計收。

援助或救濟之物資持有政府機關證明文件者，免收檢疫規費。