藥廠對有害廢棄物、有毒容器、有害氣體、粉塵、廢水、生物性成分及其他有害成分或物質，除應依有關法令及主管機關規定處理外，並應遵行下列原則：
一、應有適當之處理或前處理設備或措施，如局部排氣或負壓操作、清洗消毒、有害氣體洗滌或吸收塔、廢水處理槽池等。
二、對有害廢棄物及有毒容器等，應設專用儲存場所加以收集，並依其性質加以分解後，予以適當焚化或掩埋處理，有毒容器再予利用前，應經清洗，並應嚴加管制，不得作為食品或藥品容器。
三、對有害氣體或粉塵，應設置密閉設備、局部排氣裝置或負壓操作予以收集，並應依其性質予以洗滌、吸收、氧化、還原、燃燒或其他有效處理，其廢氣中含有粉塵者，應先予離心、過濾、洗滌等除塵處理，排氣並應符合空氣污染物排放標準之規定。
四、對廢水之處理，應具備足夠容積之不滲透性貯池，並加設酸化、鹼化、中和、活性碳吸附或其他有效處理，隨時維持正常操作，以破壞或去除廢水中殘留有毒成分，放流水並應符合放流水標準之規定。