中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性農藥管理政策、方案與計畫之策劃、訂定及督導執行。
二、全國性農藥管理法規之制（訂）定、研議、釋示及執行。
三、農藥管理之研究發展及宣導。
四、全國性農藥管理人員之訓練及管理。
五、全國性農藥管理業務之督導。
六、全國性農藥管理之協調或執行。
七、農藥管理之國際合作及科技交流。
八、其他有關全國性農藥管理事項。