管制考核及糾紛處理處掌理左列事項：
一、關於環境保護事務之經常調查及報告事項。
二、關於直轄市、縣（市）執行環境保護事務之考核事項。
三、關於環境保護糾紛事件鑑定、處理之法規研訂事項。
四、關於重大環境保護糾紛事件之協助鑑定、處理及申訴事項。
五、關於環境保護事件處理之追蹤、考核事項。
六、關於環境污染源管制之復查事項。
七、關於其他環境保護事務之執行、考核及糾紛處理事項。