本署為加強督導直轄市、縣（市）環境保護執行事項，設環境督察總隊，其下分設北、中、南三區環境督察大隊。

環境督察總隊置總隊長一人，職務列簡任第十二職等；副總隊長二人，職務列簡任第十一職等，北、中、南三區環境督察大隊各置大隊長一人，職務列簡任第十一職等；副大隊長一人，職務列簡任第十職等。

前項督察總隊及各區督察大隊所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。