本署設左列各處、室：
一、綜合計畫處。
二、空氣品質保護及噪音管制處。
三、水質保護處。
四、廢棄物管理處。
五、環境衛生及毒物管理處。
六、管制考核及糾紛處理處。
七、環境監測及資訊處。
八、秘書室。