水質保護處掌理左列事項：
一、關於水質保護政策及法規之研訂事項。
二、關於廢水、污水排放、管制之策劃、指導及監督事項。
三、關於地面水、地下水、地盤下陷污染防治之策劃、指導及監督事項。
四、關於海洋污染防治之策劃、指導、監督或執行事項。
五、關於污水放流海洋之指導及監督事項。
六、關於其他水質保護事項。