本部之次級機關及其業務如下：
一、氣候變遷署：規劃與執行因應氣候變遷政策、溫室氣體排放管理、減量、交易、碳定價制度及氣候變遷調適事項。
二、資源循環署：規劃與執行廢棄物源頭減量、資源回收與循環利用及事業廢棄物清除處理事項。
三、化學物質管理署：規劃與執行化學物質管理及災害預防應變、環境用藥管理事項。
四、環境管理署：規劃與執行環境管理與執法、一般廢棄物清除處理、環境衛生管理、土壤及地下水污染整治事項。