監測資訊司掌理事項如下：
一、大氣監測與空氣品質預報之政策規劃、協調、執行及督導。
二、陸域水體水質監測之政策規劃、協調、執行及督導。
三、本部與所屬機關（構）整體環境資料、資訊應用之政策規劃、發展、整合、協調、審議及管理。
四、本部與所屬機關（構）資通安全、共構機房資源之規劃、推動及管理。
五、本部與所屬機關（構）共用行政資訊系統之規劃、整合、協調及支援。
六、其他有關監測資訊事項。