本部設下列司、處：
一、綜合規劃司，分五科辦事。
二、環境保護司，分四科辦事。
三、大氣環境司，分六科辦事。
四、水質保護司，分五科辦事。
五、監測資訊司，分四科辦事。
六、秘書處，分五科辦事。
七、人事處，分二科辦事。
八、政風處。
九、會計處，分三科辦事。
十、統計處，分二科辦事。
十一、法制處，分三科辦事。