大氣環境司掌理事項如下：
一、空氣品質保護之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
二、固定污染源空氣污染管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
三、移動污染源空氣污染管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
四、逸散污染源與施工機具空氣污染管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
五、室內空氣品質管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
六、噪音與振動管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
七、環境中非屬原子能游離輻射污染與光害管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
八、空氣污染防制基金收支、保管與運用之規劃、審議、執行及督導。
九、其他有關大氣環境事項。