本署設下列組、室、中心：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、一般廢棄物管理組，分六科辦事。
三、環境衛生組，分三科辦事。
四、環境執法組，分四科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、北區環境管理中心，分四科辦事。
十、中區環境管理中心，分四科辦事。
十一、南區環境管理中心，分四科辦事。