本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、永續消費回收組，分四科辦事。
三、再利用推動組，分六科辦事。
四、循環處理組，分六科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。