本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分五科辦事。
二、評估管理組，分四科辦事。
三、風險管控組，分五科辦事。
四、危害控制組，分五科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。