本署每週舉行主管會報一次，每月舉行行政事務檢討會一次，每二個月舉行全國環保機關業務協調聯繫會報一次，必要時得召集臨時會議，其實施要點另定之。

本署為處理特定事務，得召集各項臨時性會議。必要時得邀請學者、專家及有關人員參加。