主任秘書承長官之命處理事務，其權責如左：
一、關於本所文稿之綜核、代判事項。
二、關於機密及重要文件之處理分配事項。
三、關於各種重要會議之籌劃參加事項。
四、關於與各機關之聯繫協調及質詢調查案件之分辦事項。
五、關於行政業務之管制考核事項。
六、關於所長、副所長不在所時所務之代理事項。
七、關於分層負責權責範圍內事項之決定事項。
八、關於職責上應隨時提請所長、副所長注意之事項。
九、關於所長、副所長交辦事項。