本處設下列組、室：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、排放管理組，分四科辦事。
三、減量推動組，分四科辦事。
四、調適韌性組，分三科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。