本基金之收支、保管及運用，應設溫室氣體管理基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，其中一人為召集人，由本署署長指定副署長一人兼任；其餘委員由本署署長遴聘有關機關（構）代表、學者、專家及民間團體代表擔任，並指定一人兼任副召集人。

前項學者、專家及民間團體代表，不得少於委員總人數三分之二。

本會委員任期二年，期滿得續聘之；其中學者、專家及民間團體代表委員之續聘，以一次為限；均為無給職。