中央主管機關受理本辦法相關申請事項，應依下列程序於六個月內完成審查，並將審查結果作成准駁之決定；未能完成者，得延長六個月，並以一次為限：
一、形式審查：中央主管機關應就申請書及應檢附資料等，進行是否符合第四條至第八條、第十四條、第十六條或第十八條之書面完整性審查。
二、實質審查：中央主管機關應就事業或各級政府所提之專案計畫書、確證報告、減量成效計算、監測報告書、查證報告、減量額度計算、減量方法等，進行是否符合第十條、第十一條或第十七條規定之實質審查。

中央主管機關審查前項提送資料，經形式審查不合規定或內容有欠缺，或實質審查內容資料須補正，應詳列補正所需資料，通知事業或各級政府限期補正，補正日數不計入審查期間，補正總日數不得超過六個月；屆期未補正或補正仍不合規定者，予以駁回。