本法所定中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性海洋污染防治政策與計畫之規劃、訂定、督導及執行事項。
二、海洋污染防治法規之訂定、研議及釋示事項。
三、全國性海洋環境品質之監測及檢驗事項。
四、直轄市、縣（市）海洋污染防治業務之督導事項。
五、涉及二直轄市、縣（市）以上海洋污染防治之協調或執行事項。
六、涉及相關部會機關海洋污染防治之協調事項。
七、海洋污染防治之研究發展事項。
八、全國性海洋污染防治之國際合作、宣導及人員之訓練事項。
九、其他有關全國性海洋污染防治事項。