本法所定直轄市、縣（市）主管機關之主管事項如下：
一、直轄市、縣（市）海洋污染防治工作之規劃、協調及執行事項。
二、直轄市、縣（市）海洋污染防治自治法規之訂定及釋示事項。
三、直轄市、縣（市）海洋污染防治之監測及檢驗事項。
四、直轄市、縣（市）海洋污染防治統計資料之製作及陳報事項。
五、直轄市、縣（市）海洋污染防治之研究發展、宣導及人員之訓練事項。
六、其他有關直轄市、縣（市）海洋污染防治事項。