海洋棄置費之繳費義務人，應於每年一月三十一日前，申報繳納前一年七月至十二月之海洋棄置費；每年七月三十一日前，申報繳納當年一月至六月之海洋棄置費。

海洋棄置費之繳費義務人應依中央主管機關規定之格式，填具海洋棄置費申報書向中央主管機關申報，中央主管機關核算費額後，由繳費義務人持繳款單向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納海洋棄置費。

超過繳費期限九十天內仍未完成費額繳納者，經中央主管限期催繳仍未繳納者，中央主管機關得廢止結算後之許可。

中央主管機關為執行海洋棄置費查核作業，得通知繳費義務人於十五日內提報海洋棄置費計算及作業船舶進出港口紀錄等相關資料。