事業及污水下水道系統之排放水量，依下列方式之一計算：
一、依水污染防治許可證（文件）登記之每日核准量之百分之九十計算。
二、以申報繳費當期之定檢申報總水量計算。
三、依規定設置水量自動監測設施者，得以申報期間傳輸之自動監測數據累加計算其排放水量。
四、依規定無須定檢申報者：
（一）依累計型流量計測設施量測之排放水量計算。
（二）畜牧業依當期實際在養頭數產生之廢水量計算，養豬業每頭豬隻以每日廢水產生量二十公升計算。
（三）經直轄市、縣（市）主管機關核准之計測設施或計量方式計算。
五、其他經中央主管機關認可之計算方式。

有第十二條第一款至第五款情形之一，且取得水污染防治許可證（文件）者，該期排放水量依其水污染防治許可證（文件）登記之每日核准排放量計算。但水污染防治許可證（文件）登記之每日核准排放量低於主管機關之查核量時，以主管機關之查核量計算。

有第十二條第三款情形且未取得水污染防治許可證（文件）或有第十二條第六款情形者，該期排放水量依申報繳費當期前一年全國該業別水污染防治許可證（文件）登記之前百分之五十之每日核准排放量平均值計算。但該每日核准排放量平均值低於主管機關之查核量時，以主管機關之查核量計算。

前項事業及污水下水道系統得以實際量測水量或各項用水來源之憑證、水量平衡圖、水污染防治許可證（文件）申請資料、事業規模、其他足以佐證水量等估算資料先行申報排放水量，並於接獲主管機關通知後，應於期限內將相關資料提報主管機關審查。未提報者，逕依前項規定方式計算。

累計型流量計測設施校正期間，無法計測之水量，以申報當期流量計測設施設置之日平均水量計算。

事業或污水下水道系統應依實際運作情形申報排放水量，以水污染防治許可證（文件）登記之每日核准量計算者，得以申報繳費當期實際運作日數先行計算及申報排放水量，並於接獲主管機關通知後，應於期限內將相關資料提報主管機關審查。未提報者，逕依水污染防治許可證（文件）登載之排放日數計算。