水污染防治費之費額計算公式如下：
一、i ：指第六條第一項所定各徵收項目。
二、排放水質：指依第十三條規定計算之排放濃度。
三、排放水量：指依第十四條規定計算之水量。

事業具備以煤為燃料，且使用海水去除燃煤排氣中硫氧化物之電力設施者，其排煙脫硫後放流海水（以下簡稱燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水）之水污染防治費徵收項目，包括總汞及硫氧化物，其硫氧化物之費額計算公式如下：<div class="text-pre">費額＝排煙脫硫廢水排放之硫氧化物量&#215;費率。