飼養豬隻或牛隻之畜牧業，應採行下列畜牧糞尿資源化處理措施之一：
一、經農業主管機關依農業事業廢棄物再利用管理辦法規定，核准畜牧糞尿水施灌農作個案再利用。
二、經農業主管機關依本辦法規定，核准沼液、沼渣作為農地肥分使用。
三、經直轄市、縣（市）主管機關核准輸（運）送符合放流水標準之廢（污）水，作為植物澆灌。

前項畜牧糞尿資源化處理比率規定如下：
一、於本辦法中華民國一百零六年十二月二十七日修正施行後始取得畜牧場登記證者，應達總廢水產生量之百分之十。
二、於本辦法中華民國一百零六年十二月二十七日修正施行前已取得畜牧場登記證，且已採行排放畜牧廢水於地面水體者：
（一）飼養豬隻二千頭以上或牛隻五百頭以上之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自中華民國一百零六年十二月二十七日起五年內應達總廢水產生量百分之五、十年內應達總廢水產生量百分之十。
（二）飼養豬隻二十頭以上未滿二千頭或牛隻四十頭以上未滿五百頭之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自中華民國一百零六年十二月二十七日起八年內應達總廢水產生量百分之五、十二年內應達總廢水產生量百分之十。

前項總廢水產生量係指核准許可證（文件）或廢（污）水管理計畫登記之原廢水產生量。但實際在養頭數低於登記飼養頭數時，畜牧業得提出實際在養頭數經直轄市、縣（市）主管機關認定後，核定其總廢水產生量。

第二項第二款之畜牧業，於本辦法中華民國一百零六年十二月二十七日修正施行前已採行第一項畜牧糞尿資源化處理措施者，其畜牧糞尿資源化處理比率得納入計算。