前條第三項廢（污）水管理計畫第一款至第三款、第五款記載事項有變更者，飼養豬隻二十頭以上未滿二百頭之畜牧業應依下列規定之期限檢具修正之廢（污）水管理計畫，報請直轄市、縣（市）主管機關核准，並據以實施。涉及第五款之沼液沼渣農地肥分使用資料者，直轄市、縣（市）主管機關應邀請農業主管機關參與審查；必要時，直轄市、縣（市）主管機關應於核准前進行現場勘察確認：
一、變更前條第三項第一款記載事項者，應自事實發生之翌日起三十日內辦理。但須經目的事業主管機關核准者，自核准後三十日內為之。
二、變更前條第三項第二款記載事項，應於變更前辦理。但屬下列記載事項之變更者，應自事實發生之翌日起三十日內辦理：
（一）廢（污）水水量、污泥量之計測設施、計量方式及其校正維護方法。
（二）核准餘裕量內委託者及其委託廢（污）水量。
（三）廢（污）水處理設施單元汰舊換新，且其規格條件及功能皆與原核准計畫相符。
（四）僅變更廢（污）水處理設施單元之附屬機具設施。
（五）厭氧沼氣收集袋或貯存槽。
三、變更前條第三項第三款記載事項，應於變更前辦理。
四、變更前條第三項第五款記載事項，應於變更前辦理。但變更或終止前條第四項第二款之施灌農地使用同意書，或變更施灌者名稱、地址、負責人，應自事實發生之翌日起三十日內辦理。

僅涉及增加施灌農地，且位於原核准施灌農地周界三公里範圍內者，直轄市、縣（市）主管機關得免檢測施灌農地區域地下水水質、土壤品質之背景值。