沼液沼渣農地肥分使用者，應檢具沼液沼渣作為農地肥分使用計畫（以下簡稱沼液沼渣農地肥分使用計畫），向農業主管機關提出申請，經農業主管機關審查同意後，報直轄市、縣（市）環保主管機關備查，並依登記事項運作，其沼液、沼渣作為肥分，應符合下列規定：
一、畜牧糞尿排入厭氧發酵設施，應能妥善收集沼氣，厭氧發酵天數，其為非草食性動物之畜牧業十天以上；其為草食性動物之畜牧業五天以上，並應定期排出沼液、沼渣。但農業主管機關依個別計畫審查結果另為核定厭氧發酵天數者，依其核定之厭氧發酵天數。
二、施灌農地非沼液沼渣農地肥分使用者所有，應與施灌農地所有人、管理人或使用人簽訂共同執行沼液沼渣農地肥分使用計畫之合約或出具同意書。
三、沼液、沼渣應於施灌後一小時內，完全滲入土壤，施灌農地表面不得積留沼液。但以灌溉水混合溝灌或漫灌，不在此限。
四、厭氧發酵後或再經曝氣處理後產生之沼液、沼渣，全量施灌於農地，作為農地肥分者，應備有暫停施灌期間之應變緩衝容量。該應變緩衝容量十天以上，得由厭氧發酵設施、曝氣處理設施（以採再經曝氣處理者為限）或其他貯存設施提供，厭氧發酵設施容量超出第一款規定之容量，得計入應變緩衝容量。

農業主管機關審查沼液沼渣農地肥分使用計畫時，應邀請直轄市、縣（市）環保主管機關參與審查，必要時，應現場勘查。審查時，應依沼液沼渣品質，核定下列事項：
一、單位面積施灌之沼液沼渣總量。
二、厭氧發酵設施、曝氣處理設施（以採再經曝氣處理者為限）、貯存設施及其設計容量。
三、沼液沼渣排出頻率、輸（運）送方式。
四、施灌農地之場址及面積。