本基金之來源如下：
一、依本法第十一條第一項徵收之水污染防治費分配收入。
二、本基金之孳息收入。
三、本部依本法第六十六條之二追繳之所得利益及依本法裁處之部分罰鍰。
四、其他有關之收入。