本基金之收支、保管及運用，應設水污染防治基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，由本部出任當然委員三人，其中一人為召集人，由本部部長或其指派人員兼任之；其餘二人，一人為副召集人，均由本部派員兼任之；其餘委員，由本部就有關機關代表、專家、學者及民間團體代表聘兼之。

前項專家、學者及民間團體代表不得少於委員總人數三分之二。

本會委員任一性別比例不得少於委員總人數五分之二。

本會委員任期最長二年，期滿得續聘之，均為無給職。