再利用機構有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關得令其停止收受共通性事業廢棄物；情節重大者，得令其停止再利用行為；其有事業廢棄物清理計畫書審查管理辦法第十六條第一項各款之情事者，直轄市、縣（市）主管機關得移請審核機關廢止其事業廢棄物清理計畫書：
一、事業廢棄物來源、運作管理、再利用用途或產品未符合附表管理方式或事業廢棄物清理計畫書內容。
二、未依第十條第三項及第四項規定進行申報作業。
三、再利用產品規格不明、未符合相關國家標準、國際標準或該產品之相關使用規定。
四、其他經直轄市、縣（市）主管機關認定與再利用行為相關之違法情形。

再利用機構經直轄市、縣（市）主管機關依前項規定處分者，應檢具改善證明文件報直轄市、縣（市）主管機關核准後，始得恢復收受廢棄物、繼續進行再利用。但經審核機關廢止其事業廢棄物清理計畫書者，應自處分書送達之日起停止營運；其已收受之未再利用及再利用後之廢棄物，應依本法相關規定清除處理。

經審核機關廢止事業廢棄物清理計畫書之再利用機構，於三年內不得以相同或類似機構名稱申請該項事業廢棄物之再利用機構；其負責人於三年內不得重新申請為再利用機構之負責人。