目的事業主管機關辦理底泥檢測作業，檢測數量、位置及採樣布點應依下列水體分類規定辦理。但經中央主管機關同意者，不在此限：
一、河川：
（一）依河川型態分區，採樣點位置應設置於感潮區與平原區，並以河口、河川主流與支流匯流處為原則。
（二）河川主流應設置至少三處以上之採樣點。
（三）河川支流應設置至少一處以上之採樣點。
二、灌溉渠道：
（一）採樣點位置應設置於灌溉渠道幹線或支線末端處。
（二）農地土壤有污染之虞、農地土壤污染控制或整治場址，其引灌之水源渠道末端處，應設置一處以上之採樣點。
三、湖泊應於蓄水範圍設置三處以上採樣點，並應包含入水口及取（出）水口。
四、水庫應於蓄水範圍設置三處以上採樣點，並應包含入水口及取（出）水口。