本辦法獎勵方式如下：
一、入圍前條第一款至第三款獎項者，每一獎項之名額以三名為限，各頒發入圍獎牌一面及入圍獎金一萬元；入圍前條第四款獎項者，以十五名為限，各頒發入圍獎牌一面及入圍獎金一萬元；入圍作品由二人以上共同創作者，入圍獎牌各一，入圍獎金均分。獲獎者不重複頒發入圍獎金。
二、漫畫新人獎、跨域應用獎及漫畫編輯獎得獎者各一名，各頒給獎座一座及獎金新臺幣十五萬元。
三、年度漫畫獎得獎者六名，各頒給獎座一座，以及獎金各新臺幣三十萬元；若得獎作品已由事業、公（協）會、法人、商號或團體出版發行或於數位漫畫平臺公開傳輸，頒給獎座一座；若得獎作品為個人、事業、公（協）會、法人、商號或團體與政府機關（構）共同合作者，另頒給共同合作出版或發行之政府機關（構）獎座一座。
四、金漫大獎得獎者，由金漫獎評審會（以下簡稱評審會）自獲前條第四款獎項之得獎者中評選出，另頒給獎座一座，以及獎金新臺幣二十萬元；若得獎作品已由事業、公（協）會、法人、商號或團體出版發行或於數位漫畫平臺公開傳輸，頒給獎座一座；若得獎作品為個人、事業、公（協）會、法人、商號或團體與政府機關（構）共同合作者，另頒給共同合作出版或發行之政府機關（構）獎座一座。
五、特別貢獻獎得獎者一名，頒給獎座一座及獎金新臺幣十五萬元。
六、得獎作品由二人以上共同創作者，獎座各一；其有獎金者，獎金均分。
七、評審會應自前條之參賽作品中，評選出各類獎項入圍者及得獎者。但未達標準者，評審會得為減少或從缺之決定。