全國公務人員協會以總統府、國家安全會議、五院、各部及同層級機關公務人員協會及各直轄市、縣（市）之機關公務人員協會為會員共同組織之，並分別自各該機關公務人員協會推選會員代表，其會員人數在一千人以下者，各推選一名，超過一千人者，每一千人增加代表一名，尾數未滿一千人者，以一千人計，分別代表各該機關公務人員協會行使職權。