公務人員協會之主管機關如下：
一、全國公務人員協會、總統府、國家安全會議、五院、各部及同層級之機關公務人員協會，其主管機關為銓敘部。
二、直轄市、縣（市）之機關公務人員協會，其主管機關為各該直轄市政府、縣（市）政府。

公務人員協會所興辦之事業應受各該目的事業主管機關之指導、監督。