會計決算處掌理事項如下：
一、會計與決算法規之擬訂、修正、廢止及解釋之研議。
二、總會計制度之設計、核定及頒行；各機關及特種基金會計制度之核定。
三、總會計報告、總決算及附屬單位決算格式之研訂及彙編。
四、各機關與特種基金會計報告格式之研訂及審編；整體性預算執行情形之控管。
五、各機關與特種基金會計制度實施狀況及決算辦理情形之查核。
六、直轄市、縣（市）政府會計及決算事務之監督。
七、行政法人、各機關經管信託基金及政府捐助成立之財團法人會計決算相關事項。
八、內部審核、政府採購監辦及財物會計事務等相關法規之擬訂。
九、各機關辦理會計、決算業務人員之指揮及監督。
十、其他有關政府會計、決算及內部審核事項。