行政法人之會計檔案，應自年度決算程序辦理終了後，至少保存十年，其屆滿保存年限者，除應永久保存或有關未結會計事項者外，經董（理）事長或首長核准後得予銷毀。但涉及政府機關指定用途之補助與委辦等經費，如憑證留存行政法人者，應報請監督機關核轉審計機關同意後，始得銷毀。

行政法人之會計檔案遇有滅失、毀損等情事時，應報請監督機關處理後，再轉報審計機關。