行政法人會計制度所定會計事務之處理，應力求簡單明瞭，便於追蹤核對，並視會計事務性質及營運（業務）實際需要，擇下列事項訂定之：
一、會計事務處理原則：指行政法人處理其會計事務時所依循之原則，內容包括一般性規定、資產、負債、淨值、營運（業務）收入、營運（業務）成本、營運（業務）費用、營運（業務）外收入、營運（業務）外費用與餘絀計算。
二、普通會計事務處理：指行政法人將其營運（業務）活動所產生之結果編製財務報表傳達予報表使用者之過程，其內容包括會計憑證之取得、審核及編製、會計簿籍之處理、財務報表之編製、決算之辦理等事項。
三、成本會計事務處理：指行政法人衡量及評核所轄各部門或各營運（業務）項目之成本，與其帳務之處理及財務報表之編製等事項。
四、營運（業務）會計事務處理：指行政法人除普通會計事務處理外，專屬所轄各部門或各營運（業務）間之帳務處理與財務報表之編製等事項。
五、出納會計事務處理：指行政法人之現金、票據、有價證券等之收付、保管、登記、移轉、帳務、報表等會計處理事項。
六、材料會計事務處理：指行政法人營運（業務）上使用及儲備之原料、物料、燃料、配件及尚未安裝或領用之機具暨須加工處理之呆廢料等取得、領用、報廢、盤點與檢查、帳務、報表等會計處理事項。
七、財產會計事務處理：指行政法人財產之預算編列、增置、保管、使用與維護、減損與報廢、盤點與檢查、帳務、報表等會計處理事項。
八、採購會計事務處理：指行政法人採購招標、訂約、履約、驗收、保固等會計處理事項。
九、管理會計事務處理：指行政法人運用管理會計之方法，評核所轄各部門或各營運（業務）項目之效能，提供管理決策所需資料，其內容依性質包括預算管理、利潤規劃、財務分析、責任會計與績效衡量、統計分析、投資決策分析及其他等會計處理事項。
十、會計作業電子化處理：指行政法人運用電子方式處理會計資料之一部或全部，其內容包括電子處理會計資訊系統之設計、代號之編訂、憑證格式之設計、程式之編製、報表之設計、會計資料之輸入及輸出、會計資料錯誤更正等會計處理事項。
十一、會計事務與非會計事務之劃分：為利權責分工，行政法人應依營運（業務）性質明確劃分會計事務與非會計事務，俾利依循。
十二、其他會計事務處理。