自由港區事業應實施貨物控管、電腦連線通關及帳務處理作業之貨物自主管理。

自由港區事業關於貨物之進儲、提領、重整、加工、製造或遭竊、災損等，應按其作業性質，辦理有關之登帳、除帳、查核銷毀、補繳稅費除帳、稅費徵免及其他與帳務處理相關之自主管理事宜。

自由港區事業、港區貨棧及港區門哨對自由港區事業之貨物控管，應分別按貨物流通作業性質，辦理電子資料傳輸、資料保管、貨物之進儲、提領與異動之通報及其他與貨物控管相關之自主管理事宜。

海關得設置聯合查核小組，就自由港區事業關於貨物控管、電腦連線通關及帳務處理等自主管理事項進行查核，並得執行實地盤點，自由港區事業不得規避、妨礙或拒絕。

自由港區事業每年應辦理存貨盤點，並於盤點後一個月內，將盤存清冊及結算報告表送海關備查；必要時，得於期限內申請展延一個月。

自由港區事業依前項規定辦理之盤點貨物，如多於帳面結存數量，應同時於帳冊補登數量；少於帳面結存數量，應同時向海關申請補繳稅費。