申請案件之處理程序如下：
一、公地管理機關或原處分機關應先行查明申請之土地確係該管理機關使用或原處分機關處分後，將相關文件移送地政機關協助審核申請人是否符合第二條規定。
二、地政機關審核後，應將審查意見連同相關文件，移回該公地管理機關或原處分機關；其須指界測量者，並應依地籍測量有關規定辦理。
三、公地管理機關或原處分機關於收到地政機關審查意見後，應即審核，符合本辦法發給地價補償費者，應核定地價補償費，並函復申請人；其不符合本辦法發給地價補償費者，應敘明理由函復申請人。
四、公地管理機關或原處分機關應自核定地價補償費函復申請人之日起二年內，通知申請人領取補償費。

經通知領取補償費之申請人，應於受通知之日起三個月內領取；屆期未領取者，依法提存。